Горное училище в Санкт-Петербурге было основано Указом императрицы Екатерины II 21 октября (1 ноября) 1773 года. 28 июня 1774 года состоялось торжественное открытие Петербургского горного училища. Как сообщают Историко-статистические сведения Санкт-Петербургской епархии:

«По незначительности училищных средств, сначала здесь не было церкви, а учредить ее положено было по уставу горного училища, утвержденному в 1804 г. К устроению храма приступлено в том же году, при директоре генерале от артиллерии Алексее Ивановиче Корсакове. В 1805 г. храм окончен и освящен митрополитом Амвросием. Он устроен в каменном Флигелѣ корпуса и посвящен преп. Макарию Египетскому, в день памяти которого (19 января) Высочайше утверждено устав училища. План храма составлен и исполнен архитектором подпоручиком Штаубертом.»

На основании Декрета об отделении Церкви от государства и школы от Церкви в августе 1918 года храм Горного института был закрыт. В помещении храма вначале оборудован кинозал, затем спортзал, в результате чего был полностью утрачен интерьер, крест и барельеф фасада по 21 линии.

12 июля 1998 года Митрополит Санкт-Петербургский и Ладожский Владимир благословил восстановление Домового храма преподобного Макария Египетского в Горном институте.

30 марта 2001 года по инициативе ректора Владимира Стефановича Литвиненко и поддержке Ученого Совета Горного института было принято решение о воссоздании домовой церкви преподобного Макария Египетского Горного института. Был создан Попечительский Совет храма института в составе председателя - почетного доктора Горного института Рубиса-Черковцова А. Н. и профессора, заведующего кафедрой металлургии цветных металлов, доктора технических наук Сизякова В. М. Силами строительных и хозяйственных служб Горного института при участии реставраторов ООО "Атлант" и ХПП "Софрино" храм был воссоздан.

7 июля 2004 года, в праздник Рождества Иоанна Предтечи, состоялось освящение храма Горного института Патриархом Московским и всея Руси Алексием II.

За большой вклад в дело воссоздания церкви преподобного Макария Египетского ректор Горного института профессор Владимир Стефанович Литвиненко награжден орденом святого равноапостольного князя Владимира II степени Русской Православной Церкви.